聖經密碼，也稱作Torah密碼，最初指的是在《希伯來聖經·創世記》的開頭每隔50個字母跳讀，就可以拼出「Torah」一詞（意指《摩西五經》，即《創世記》、《出埃及記》、《利未記》、《民數記》及《申命記》），另外在《出埃及記》、《民數記》和《申命記》中亦是如此。這種現象後來被稱做Equidistant letter sequences（等距字母序列），簡稱「ELS」。這個密碼，由於The Bible Code一書的出版而聞名於世，書中作者聲稱這些密碼可以預言將來。此論受到無神論者和許多宗教團體強烈質疑。
(概述)
最先出自13世紀一位名叫Bachayah的猶太教拉比的著作。20世紀初，這一內容被居住在捷克首都布拉格的一位猶太教教士Michael Ber Weissmandl發現。並在他死後的1957年，由他的學生將其公之於眾。
到了1980年代，以色列希伯來大學的數學家Eliyahu Rips和物理學家Doron Witstum利用計算機高速計算對比（一套精密的數學運算模式），挑選聖經時代以來的32位知名人物，結果發現他們的名字和出生與死亡日期在《創世記》中都是編在一起的。後來他們把整本希伯來文聖經原文去除了所有字間距，連貫成總長304805個字（因為根據傳說，摩西從上帝手中接受的聖經就是「字字相連，無一中斷」），採用計算機跳躍碼方式，在字元串中尋找名字、單詞和片語，最終找到了一系列相關信息。據此完成了《 經過耶魯大學、哈佛大學、希伯來大學多名數學家驗證，以及美國Statistical Science雜誌（Institute of Mathematical Statistics的機關期刊之一）的三次複核後（他們經過數學分析，證實聖經密碼為巧合的可能性只有二十五億分之一，後來研究人員以更高難度測試，發現為巧合的可能性低至五萬兆分之一），於1994年8月，正式發表在了Statistical Science雜誌上（對於這篇論文的爭論參見下面的「各方觀點」）。
1997年面世的《聖經密碼》（The Bible Code）引起了世人對聖經密碼的關注，作者Michael Drosnin是一名無宗教信仰的記者，曾於《華盛頓郵報》和《華爾街日報》工作，他經過5年的採訪和深入調查研究後寫成此書。他甚至通過密碼找出了「Year of Bible Code Revealed 1997」的片語。但Eliyahu Rips在一篇文告中宣稱：「我本人並不支持Drosnin對讀碼的見解，也不贊成他所下的結論……凡是從Torah （摩西五經）中擷取信息或以其為預言的根據，是無益和沒有價值的。這不僅是我個人的意見，也是每一位從事解碼研究的科學家的意見。」到目前為止，他已出版了續集《聖經密碼II》（The Bible Code Ⅱ），其副標題為「倒數計時」（The Countdown）。在文中他做的最後結論是：「聖經密碼可能既不是『正確的』，也不是『錯誤的』。密碼要告訴我們的，可能是『什麼事可能發生』，而不是『什麼事會發生』。不過，因我們不能讓我們的世界毀滅掉，我們不能什麼事都不做，只是在那裡等待——我們必須假定，聖經密碼裡頭的警告是真的」。
最新的研究顯示，在耶路撒冷希伯萊民族博物館中發現了艾薩克·牛頓（Isaac Newton）的手稿，這是他在1696年後留下的一大堆論文。在數千頁寫得密密麻麻的紙上，研究人員看到牛頓嘗試用複雜的公式破解「聖經密碼」，並試圖計算宇宙的末日。這位偉大的科學家通過複雜枯燥的算式，最後在一張字跡潦草的紙上將世界末日定於2060年。同時，他還預言世界末日的到來將伴隨著瘟疫和戰爭的爆發，並預言聖人到時將再次降臨地球，他自己可能也將成為聖人之一。
牛頓相信聖經裡暗藏著人類歷史的預言。在牛頓的晚年，他致力於研究聖經但以理書內的預言，及找尋聖經所隱藏的密碼。直到臨終時，他仍在孜孜探求卻未能成功。值得一提的是，在Michael Drosnin的研究中，「Newton」 的名字被發現在「Gravity」（萬有引力）旁，而在另一旁則出現了「Bible Code Newton」的片語。
(密碼原理)
從聖經第一個字母開始，尋找一種可能的跳躍序列，從1、2、3 個字母，依序到跳過數千個字母，看能拼出什麼字，然後再從第2個字母開始，周而復始。一直到聖經最後一個字母。
例如Rips ExplAineD thaT eacH codE is a Case Of adDing Every fourth or twelth or fiftieth to form a word得出隱含訊息為READ THE CODE。
找到關鍵詞後，接著在關鍵字附近尋找相關訊息。
例如尋找「伊扎克·拉賓」，結果這個名字只出現一次，跳躍序列為4772。於是程序將整本聖經分成64行，每行4772個字母。就在重新編排的聖經里，與「伊扎克·拉賓」相交的地方，找到「刺客將行刺」，後又找到「艾米爾」（刺客的名字）。用這種方法還能找到「拉賓遇刺」、「特拉維夫」、「5756」（希伯來年，始於公曆1995年9月）這些單詞。
(已破解的密碼)
1929——經濟崩潰——股票——大蕭條（申命記）
愛迪生——電——燈（民數記）
愛因斯坦——他推翻現有的事實——科學——預告一位聰明絕頂的人——嶄新而卓絕的知解（民數記）
希特勒——惡人——納粹與敵人——屠殺（創世記）
休梅克列維九號——木星——第八阿伏月（以賽亞書）
甘迺迪——第二位治國者遇害——達拉斯（出埃及記）
柯林頓——總統（民數記）
莎士比亞——哈姆雷特——麥克白（利未記）
貝多芬——約翰·巴赫——德國作曲家
莫扎特——音樂——作曲家
畢卡索——藝術家
萊特兄弟——飛機
薩達姆——飛毛腿
中國——大使館——轟炸——北約——美國
台灣——地震——台北——5760(西元1999年，民國88年)
奧姆真理教——災疫——毒氣
(觀點)
許多人相信聖經裏藏有密碼——人類幾千年來曾發生的事件和未來將要發生的事。也有人因此相信聖經當然是出自上帝之手。並認為聖經可能是「外星遺物」，設計成唯有地球文明達到一定的進化門坎時，才會自行示現的形式。
聖經密碼的支持者認為，雖然任何一本書都可以找到隨機字母組合，但要找到像「薩達姆」和「飛毛腿」及開戰日期等相關訊息，除了聖經外，包括《戰爭與和平》（俄語:Война и мир）在內的各類十萬甚至百萬字母的書籍，和千百萬種電腦製造的實驗個案，都沒有找到如此連貫的訊息。
反對者則認為，希伯來文聖經自古以來均出現許多版本，幾千年來的抄寫必定會有不同的字句，解碼所研究的聖經原文已經跟古抄本有一定的差別，包括句點和字距等都不一樣。而且所解碼的希伯來文聖經，只有輔音字母（consonant），沒有母音字母（vowel）。因此它完全不值得相信。另外，這種解碼方式，實際上在傳統的猶太神秘哲學Cabala里關於如何用數學運演算法解釋希伯來文聖經時已經提出。整本聖經希伯來文有30多萬個字母，起碼可以發生100億種字母組合，所謂的密碼只是一種斷章取義。
還有一些人的質疑來自一些沒能應驗的預言，比如Michael Drosnin根據密碼找到聖經關於1995年9月至1996年9月會發生「核武浩劫」並沒有發生。據說他再用計算機程序找到結果出現Delay（延遲）的單詞。
1999年，數學家Brendan McKay、Dror Bar-Natan和Gil Kalai及心理學家Maya Bar-Hillel，在Statistical Science上發表了一篇論文，聲明他們提供了足夠的證據來駁斥Witztum和Rips的論文。他們的主要觀點是：
Witztum和Rips採用的數據是希伯來文的拉賓名字。希伯來文對於名字的拼寫是很靈活的，每一個名字可以有很多寫法。因此在搜索名字的時候要更加註意。所以他們的結果是不嚴格的。論文中說：「……他們的數據沒有按照他們實驗時的規則嚴格定義。相反，對於這個規則，他們應用時，有很多『擺動』。特別是對於拉賓的名字。」
對於他們的數據採集，有間接的證據表明是不正確的。也就是說名字的選擇和拼寫是不中立的，尤其向他們的假設偏向。
對於再現Witztum和Rips論文陳述結果的嘗試失敗了。論文中說：「原來論文的作者不能提供他們最初的源程序。而且現在原作者發布的源程序（兩個），還有我們自己的程序，都得不到原來論文的結果。」
對此，還有進一步的爭論。儘管還有少數科學家在繼續這個工作，但是現在絕大部分科學家對此持否定的態度。
許多人發現，Michael Drosnin用的方法和等距字母序列那篇論文的方法相比，相當不嚴密。不少人用相同的方法，很容易發現到處都藏有密碼，就如英王欽定版的《聖經》裏，可以找到 UFO 一樣，這下子整個懷疑都出來了。Michael Drosnin面對這些批評，在《新聞周刊》的一次訪問裡，他說：「假如我的批評者，能夠在《白鯨記》（Moby Dick）裡，找到某位總理被刺殺的密碼訊息，那麼我就會相信他們。」這對批評者來說，是個挑戰，而這場戰爭到這個時候，已經是相當白熱化了。
澳洲國立大學的一位計算機教授Brendan McKay，就接受這個挑戰，找到了底下印度總理甘地被刺的「訊息」，並且把它放在自己的網站上。直行的 IGANDHI，第一個 I 是他的名字 Indira 的縮寫，按著是甘地 (Gandhi)。按著橫行是 the bloody deed。死亡的契約，預示著甘地是會被殺的。
事實上，McKay不但找到一位總理 ，他還在《白鯨記》找到林肯、拉賓、甘迺迪…等名人被刺殺的訊息，用的是跟Michael Drosnin一樣的方法。這下子麻煩了，似乎到處都藏有密碼，是不是生活周遭都布滿天機，等著我們用電腦去解讀呢？這位Brendan McKay說，也有基督教徒一直在尋找密碼，不過他們想找的是有關耶穌基督降臨的訊息；而這回他用的是《但以理書》，因為Michael Drosnin在《聖經密碼》中提到這是一本「封印之書」，預告著「彌賽亞來臨的日子」，而耶穌向來都被視為是彌賽亞的。McKay依照魏茨滕等人的方法，考慮了一些關鍵字詞，像 son of god，去進行分析，結果發現耶穌跟 son of man 較靠近。這下子耶穌由「神之子」變成「人之子」，整個論戰也跟著變得混沌、局勢不明了。
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